碳是藻類十分重要的營養元素，相當于藻類的骨架。在養殖過程中因為缺碳而藻類生長不起來很常見，如前期肥水，施了很多肥，氨氮很高了水還是清澈見底；養殖中后期，越是晴天越容易“倒藻”，泡沫多、藻類老化、氨氮或亞硝酸鹽高（圖1、圖2），這些現象多與水體碳源不足有關。
圖1 土池塘“倒藻”
圖2 高位池“倒藻”產生大量泡沫
養殖水體中的碳源是否充足與總堿度中的碳酸根和碳酸氫根離子密切相關。如果養殖過程中只是簡單的測量總堿度，而不分析其離子和分子組成（總堿度是指能結合氫離子的離子和分子的總和），即使總堿度很高同樣也可能出現缺碳“倒藻”。例如海水的高位池養殖，天然海水一般總堿度較高，但中后期同樣出現藻類老化；每天換水，亞硝酸鹽高。這里也涉及到總硬度和排污帶走了碳源的原因。
藻類光合作用時需要二氧化碳參與，二氧化碳由水體中的碳酸氫根離子與氫離子反應生成。一部分碳酸氫根離子變成碳酸根離子與鈣離子結合為碳酸鈣沉淀，所以pH值升高、水體出現白濁，在高位池養殖排污時會帶走碳酸鈣。
土塘不排污會沉底，水呼吸產生的二氧化碳與氫離子反應形成碳酸，再與碳酸鈣反應生成碳酸氫鈣，所以pH值下降，白濁消失。由于藻類光合作用不斷消耗水體中的碳酸氫根離子（碳源越來越少），如果不補充碳源，藻類因為缺乏碳源很容易老化。
養殖動物的排泄和殘餌釋放氨氮也不斷增加，由于碳源不足，藻類不能吸收利用，氨氮升高，最終亞硝酸鹽升高。
水體不穩定，水中缺碳是關鍵原因。缺乏碳源，微生物（有益菌）缺乏能量，不能有效分解水體中的有機質，水體越來越臟。但是養殖戶和一部分技術人員對碳源的認識不足，一味地往水中追肥（化肥和氨基酸肥）、用菌。沒有解決碳氮比，往往適得其反，反而氨氮高、亞硝酸鹽高、有機污染加大和加重缺氧，藻類老化嚴重，“倒藻”發生。
養殖過程中出現的不良藻類，如藍藻和鞭毛藻類，也與水體缺碳有關，藍藻大多浮在水體表層，與空氣接觸的機會多，能利用空氣中的二氧化碳；而鞭毛藻類大多能利用水體中的有機顆粒。當水體中碳源缺乏時，其它藻類如綠藻和硅藻因缺碳而不能生長，藍藻和鞭毛藻類就形成優勢種群。（見圖3~圖6）
建議補充水體中的碳源，提高碳氮比，激活菌的活性，有效穩定水體，優化藻相。
圖3 藍藻水華
圖4 藍藻水華
圖5 鞭毛藻類水華，水發紅
圖6 鞭毛藻類水華，水發黑